Die Tiefenhöhle wird durch den Kellerraum des Höhlenrasthauses betreten. In diesem Raum befindet sich seit 2001 eine Abteilung des neuen Höhlenkundlichen Museums. Die Ausstellung erläutert die Entdeckung, Erforschung und Erschließung der Tiefenhöhle, sowie die geologische Situation der mittleren Schwäbischen Alb.