Zum Schutz bestimmter Höhlen, vor allem aber zum Schutz überwinternder Fledermäuse sind in einigen Fällen Höhlenverschlüsse (meist von November bis April) unvermeidbar. Fledermausschutz und befristete Betretungsverbote von Höhlen stehen in engem Zusammenhang, weil verschiedene Fledermaus-Arten die Höhlen als Überwinterungsquartier nutzen. Während des Winterschlafs reagieren die Fledermäuse sehr empfindlich auf Störungen durch Lärm, Licht, Erschütterungen oder offenes Feuer. Jedes Aufwachen verbraucht einen Teil der im Körperfett gespeicherten Energiereserven.
Der Einsatz von Spritzmitteln in der Landwirtschaft, Nahrungsmangel, fehlende Sommerquartiere, aber auch Störungen in den Winterquartieren führten dazu, dass der Fledermausbestand in den letzten 30 Jahren in Südwestdeutschland um 95% geschrumpft ist. Einige Arten - wie die Kleine Hufeisennase und die Mopsfledermaus - gelten inzwischen auf der Schwäbischen Alb als ausgestorben. Infolge der gezielten Schutzmaßnahmen erholte sich der Bestand der übrigen Arten in den letzten Jahren deutlich.
Fledermäuse verbringen die kalte Jahreszeit vorwiegend in Höhlen und Bergwerken. Sie haben sich den Sommer über dicke Fettpolster angefressen. So gerüstet kann der Winterschlaf beginnen, wenn dies auch nicht wörtlich zu verstehen ist. Denn die Winterschläfer erwachen in unregelmäßigen Zeitabständen immer wieder - auch ohne äußere Weckreize. Die eigentlichen Abschnitte des Tiefschlafs dauern wenige Tage bis Wochen. Bei Körpertemperaturen zwischen 10 und 0°C sinken Stoffwechsel und Energieumsatz im Körper auf ein Minimum ab. Das Herz schlägt weniger als 20 mal in der Minute, Atempausen von bis zu 90 Minuten wurden festgestellt.
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